《生物信息学》原稿要论点清晰，数据可靠，条理清晰，文章精炼。研究论文一般限制在4000位以内，摘要性文章限制在5000位以内，研究新闻稿、动态等文章一般限制在1000位以内。其他的热量取决于情况。

《生物信息学》稿件随作家工作单位推荐信提供两个激光打印样品(A4纸第4栏打印，作者手写复印)。原告必须指定联系详细通信地址(包括邮政编码、电话、传真、电子邮件等)、第一位作者的个人信息(包括性别、出生年月、职称、学位等)，以便在处理原告时能够及时与作者联系。

《生物信息学》原稿必须最后确认。原稿的外语字母、符号必须区分大小写、正、斜体、上下角的字母、数字和符号，并且必须明确区分位置的高低。容易混淆的字母、符号等第一次出现时请用铅笔标记。正文中的度量单位必须使用新出版的中华人民共和国国家标准《量和单位》中颁布的法定度量单位的名称和符号。非可接受单位，必须转换为可接受单位。

本报的编排规则和格式由中英文标题、作者、单位(诗歌、邮政编码)、中英文摘要、关键字、正文(包括文字、图表)、脚注和参考文献组成，具体取决于国家标准的要求。各部分的要求如下:

标题汉英对照。一般没有副标题，汉语标题一般不超过20个字符，英语标题必须与汉语名称意义一致，一般不能超过10个字符。标题应简明扼要地反映研究成果的实质和特点。

作者对全部或部分文章作出主要贡献，对内容负责，应得到每个人的同意。作者单位必须显示全名以及城市和邮政编码。文章的第一位作者通常是联系人，其他联系人用脚注表示。

摘要是用第三人称编写的，其中包含研究目的、方法、结果、关键数据、结论等内容。研究论文中文摘要一般不超过300个字符，英文摘要的内容基本上与中文摘要一致。请注意，中国作家的英语原稿中，汉语拼音、姓氏前面的名字后面的标记、姓氏和名字的第一个字母全部用大写字母表示，复音和两个名字之间没有连字号，但由产生拼音的可用旁音符号('')分隔。

每篇文章必须选择3至5个反映文章内容的关键词。关键字分别列在中文和英文摘要之后。