一、当前新农合会计制度所存在的问题1.某些会计科目名称与实际完全不符，存在虚假情况某些会计科目名称与实际完全不符，存在虚假情况，本文以“缴存省级风险基金”为例，对于新农村医疗合作基金来说，通常情况下它是将县作为单位进行统筹的，然而对于农村合作风险基金来说，一般情况下它与上述相反，它是以州或市作为单位进行统筹的。以我市为例，新农村合经办机构在每年的12月份，它们按比例将风险基金提走后，从新农合财政专户当中，县财政局直接汇市财政局新农合风险基金专户，其没有按相关要求及标准来操作，本来是应当汇省财政厅的。所以，某些会计科目名称与实际完全不符，存在虚假情况。
2.新农合会计制度的局限性新农村会计制度的基础是收付实现制，这种以收付实现制为基础的会计制度不仅不能够全面反映本年基金收支结余情况，而且也不能全面反映当年基金款项往来情况。采用收付实现制，对于会计处理手续来说相对简便，对于应计收入、预收收入以及应计费用来说，会计核算可以对上述内容不加以考虑。但收付实现制难以对当年的基金收支结余进行正确地计算和确定，显然收支配比关系是较为缺乏科学性的。新农合基金除了应计费用、预付费用业务发生相对频繁外，应计收入、预收收入等业务发生也比较频繁，同时收付上归属期也有明确的要求，对于支出存在与基金收入来说，这两者之间存在合理的配比性。因农民参加新农合是按年的，倘若出现新农合基金结余率大于15%这种情况的时候，对于部分住院花费较大的参加新农合的农民群体，可以对他们的进行二次补偿。在收付实现制的前提下，确认收入以当年实际收到资金为标准，同理确认支出以实际支付为标准,因此就会导致如下问题：即基金不仅结余不准确，且收支会不配比，显然这样对新农合制度的平稳运行是非常不利的。在以永续经营为前提的情况下，在新农村合运行当中，对于经办机构来说，它对对医疗机构形成实实在在的债务，且债务时时刻刻存在。在当前的会计制度当中，所有的往来款项的核算工作都只能以“暂收款”或“暂付款”科目来进行，这种情况的出现，对经济事项来说不能够做到准确反映。以我县合管办的财务管理制度为例，对于各定点医疗机构上报的核销数据，对于各乡镇合管办上报的核销数据，选对其进行审核，审核工作由合管办的审核员或负责人来完成。审核完成后，不可直接付款，只有县卫生局局长签字才能付款。局长不在因不能完成签字工作就付不了款。以收付实现制的原则来说，我县当年12月份就没有付款，显然一个月不支出一分钱是显然不符合常理的。因此，在处理实际账务的过程中，首先应当做支出；对于会计分录来说，它应当是货方“应付账款”，借方“统筹基金支出”。因为在现有的会计制度当中，其科目不包含“应付账款”这一科目，因此在实际工作当中，就只能做货方“暂收款”，借方“统筹基金支出”，显然，其与实际经济业务是格格不入的。
二、完善新农合会计制度的可行措施第一，定点医疗机构的县，其可以实行预付款，在预付款项过程中，借为“预付账款”，不设支出户县，贷可以是“财政专户存款”。等到实际核销被支出的前提下，贷为“预付账款”，而借为“统筹基金支出”。
第二，收缴本年的参合费这一工作完成后，上级财政应配套人均资金数，不过需要按实际参合人数来进行，同时也要依照文件规定由上级财政来完成此工作。对于上级财政应配套合计资金数，工作人员应当准确计算出这一资金数。贷为“政府资助收入”，借为“应收账款”。第三，在月底最后几天以及年底这段时间，因为受审批的影响，再加上公示时间等因素的相互影响，部分款项不能按照所规定的时间拨出支付，在权责发生制的情况下，针对这种问题，贷为“应付账款”，而借为“统筹基金支出”。等到实际支付的时候，在不设支出户的前提条件下，贷为“财政专户存款”，而借为“应付账款”。
第四，因为某些科目因未被提及，其核算方法保持不变，因为权责发生制要求，不仅强化了收支的配比，而且权责发生制也强化了时间上的归属关系，它不仅符合新农合基金运行目标，同时它也做到也更加符合农合基金的管理要求，这此环节的改善，不仅可以有效防止基金收支呈现大起大落的情况，同时它也可以体现参合农民受益公平。
三、结语新农合作是我国在高速发展过程中所产生的一项新生事物，它的正常运营、支撑和维系离不弄完善的、与此适应的制度，对于新农合基金来说，它主要的用途是解决农民医疗费用的一种专项资金，因此，它的存在，需要用科学的会计方法来对其进行管理，对其核算，只有做到及时发现问题，对会计核算办法进行调整和完善，无论是新农合基金的收支状况，还是新农合基金的预算执行情况，才能够被全面、精确、真实地反映，只有对其不断调整和完善，才能为相关部门的科学决策提供科学的依据，促进新农合制度朝着平稳、高效、科学的方向发展。