（三）提高资金使用效率，能有效避免存量资金的沉淀实行会计集中核算，规范资金账户的开户、使用管理，把各项资金集中到统一账户，既能够对各个事业单位的预算执行情况及时把握，也能够对结余资金进行统一的调配、合理安排使用，规范了预算支出，也提高了政府对事业行为的管理。
在事业单位会计核算中，存在已经结束的项目资金有结余，在会计处理中往往挂账至财政补助结转或者非财政补助结转，在决算时，作为经常性项目尚未结束处理，因此，在账面上就存在了大量的资金结余，如果不具体对项目进行调查分析，很难分辨资金属于结转还是结余。通过会计集中核算模式，统一对存在两年或者滚动留存的项目资金进行调查分析，落实资金性质，对确属资金结余，及时收回，纳入预算，统筹安排使用，这样既能发挥资金的使用效益，也能够推动预算更合理的编制和执行。（四）提高会计信息的完整性、准确性，满足预决算需要在之前的分散核算时，需要提供相应信息时，因存在众多的二级预算单位，需要不断的督促上报，上报后不符合要求重新修改等情况，既影响了工作效率，也因时间原因使相应的信息的可用性大打折扣。会计集中核算后，可以有效避免各个单位会计从业人员素质参差不齐的问题，相关的统计信息能够在第一时间及时的汇总，提高了信息上报的准确性和及时性。
（五）能够规范政府采购行为通过会计集中核算，可以有效避免政府采购中的相关问题，如通过拆包或者多次零星采购来规避政府采购的限额标准，造成资产采购的随意性和浪费。通过集中核算，可用汇集各个事业单位的同一需求，通过政府采购行为，发挥财政资金的使用效益。二、采用会计集中核算模式需要注意的问题（一）需与事业单位分类管理结合实行会计集中核算的前提，要依托于事业单位的分类，事业单位分类改革后，将保留公益一类及公益二类两种类型的事业单位，在集中核算时，既可以实行狭义上的同一主管部门下的统一核算，也可以实行广义上的同一类型事业单位的统一核算。目前，在事业单位分类改革的初期，可以通过狭义的统一核算，统筹人力资源，由主管部门成立会计集中核算机构，负责会计核算业务。在条件成熟，分类改革完成后，可以通过广义的会计核算，由财政部门设立专门的会计核算机构，对不同类型的事业单位分别核算。
（二）信息化程度需提高会计集中核算模式的运用，很大程度上受限于信息化程度，仅依靠之前的报账员来回的纸质报账，既浪费时间，也大大降低会计集中核算的效率。通过信息技术的投入，能够节省大量的人力、物力以及财力，使工作质量能够得以大幅度提升，进而保证会计核算管理工作的顺利实施。如通过加强报账系统，支付系统、核算系统等信息化建设，建立相应的财务预警机制，为会计集中核算的顺利实施提供软件支持。在除高校、医院外的大多事业单位中，现代信息技术程度都较低，如何提高事业单位的信息化程度，是能否执行会计集中核算的先决因素。
（三）培养复合型会计人才，完善会计集中核算机构职能会计集中核算的目的不应仅仅局限于事后监督，还应体现在事前、事中的监督。事前、事中的监督必然需要既懂财务，又懂业务的人员，从源头上要保证资金使用的合理性、真实性和效益性。在制定会计集中核算机构的职能时，既完善其绩效分析评价职能，任何一项事业活动，都应存在相应的绩效指标，把绩效管理作为会计集中核算机构的一项重要职能，引导和规范事业行为。
（四）加强核算机构的内部管理会计集中核算机构的正常运转及职能的发挥，需要相应的组织机构及内部控制制度。在组织机构设立中，必须要结合事业单位的特点，设立预算管理、支出管理、资金管理等一系列的财务管理岗位，通过工作分析及岗位分析，把对事业单位的管理职能融合在会计集中核算机构内，不应只局限于会计核算，应充分发挥会计的监督和管理职能。另外，会计集中核算机构应完善其内部控制制度，分析其风险点及采取相应的控制措施，做到权力的执行与监督相分离，并建立良好的沟通、协作机制，激发报账员的工作积极性及责任感，保证事业单位和会计核算中心的良好合作。
（五）注重固定资产的管理会计集中核算模式施行后，对固定资产的管理不应只满足会计核算的需要，也应加强固定资产的后续管理，着重加强固定资产的账实相符，定期或不定期的对固定资产盘点。总之，事业单位采用会计集中核算模式，对提高财政性资金的使用效益意义重大，也能够及时防范资金风险、规范事业单位的各项事业行为。