项目支出两个二级会计核算科目，并且还要在二级明细科目下按照自身实际进行i级明细科目的设置。
(2)进一步加强事业单位部门预算改革与会计核算明细科目的协调。对于我国行政事业单位部门预算改革与跨级核算不相容的问题，各单位应根据自身的实际情况来完善其会计核算的明细科目。然后，根据每笔支出的性质划归到不同的明细科目中去，这样也极大地便利了会计核算工作。另外，行政事业单位可以在会计核算报表中适当附加和披露预算的执行进度，从而强化部门预算改革与会计核算的相互协调性。还要通过定期的会计信息反馈，进而不断地发现预算执行中的不足并能及时进行纠正和改善。同时，各行政事业单位还应加强其内部各部门的及时沟通和交流，只有这样才可以尽快消除部门预算改革与会计核算之间在制度和部门规定上的障碍。
(3)科学编制部门预算，合理设置并细化会计核算科目。提高我国行政事业单位领导者对于部门预算改革与会计核算的重视程度，采用先进的预算编制和会计核算方法，进一步完善会计核算的明细科目，做足预算编制的准备工作。此外，还要通过权责分配来切实提升部门预算的执行和落实水平，并根据自身的实际状况对预算进行及时的反馈和修改。另外，合理设置和细化会计核算科目也有助于部门预算与会计核算的协调。统一部门预算改革与会计核算中的口径，将跨级核算科目细化到二、三级明细科目，加强国有资产管理。同时还要加强对部门预算改革的监督，规范操作流程，实现与会计核算之间的良好衔接。
(4)健全宣传和培训机制，着力提升员工的整体素质。通过全面的宣传培训，使行政事业单位的全体员工认识到部门预算改革与会计核算是相辅相成的关系，一损俱损，一荣俱荣。各行政事业单位可通过提升相关职工的专业素质来进一步推进其各部门预算改革与会计核算的协调和衔接工作。此外，各行政事业单位也可以建立员工的奖惩和激励制度来逐步提升员工们的职业修养和专业水平，通过定期的考核来不断地规范其工作态度和质量。
随着我国公共财政体系改革的逐步深化，我国行政事业单位的部门预算改革与会计核算之间产生了诸多不协调的问题。只有切实解决这些问题才能更好地实现部门预算改革与会计核算的相互促进，相互协调，进而提高我国行政事业单位的运营效率和资源配置效率。算尚不合理。现行管理办法规定仅对课题组中非项目承接单位中的无工资性收入人员支付劳务费，而对于课题组中在项目承接单位有工资收入的人员则不允许列支劳务费用。尽管有部分高校已经推行计提绩效激励，但绩效激励使用范围和方式尚不明确和成熟。这部分科研人员为了补偿自己的劳务付出，可能违规违纪套取科研经费。
3．科研所用固定资产及时彻底清查难度较大
新会计制度引入固定资产核算方法，增设“累计折1日，’会计科目核算固定资产折旧费用，增设“固定资产清理”会计科目核算转入清理的固定资产价值，从而全面地反映固定资产使用、报废及期末净值情况。在新会计制度实施前，高校的固定资产无需计提折旧，因此固定资产的相关信息记录不全面。新会计制度实施后要对现有固定资产补提折旧，则先要开展固定资产的全面清查工作。然而高校固定资产特别是科研所用仪器设备种类繁杂，数目庞大，新旧不一，缺乏统一管理，清查起来十分复杂，耗时较长。
4．科研经费结余计入事业基金影响会计配比原则
新会计制度下科研经费收入与支出在年度末时都要进行结转处理。未使用的科研项目经费不是进行结转留待以后年度使用，而是最终体现在事业基金中。与科研收入相对应的科研事业支出在不同的会计期间分期计人事业基金，这不符合收入与支出相配比的原则，由此导致科研活动所计算的净损益不真实，并有碍于对科研经费执行情况的监督，更不便于科研成本的核算。
三、新会计制度下高校科研经费会计核算改进管理的建议
1．专门账户管理，进行核算追踪
高校自身对科研的投入不是真正意义上的科研收入，但这部分资金又是科研经费来源之一，无论是核算或统计都应列入科研类别之内。在新会计制度下无法通过“科研事业收入”核算，致使高校自身科研经费投入呈现核算空白。今后可将这部分经费从高校的“银行来款”里面分离出来，采用专门的银行账户管理高校自身投入科研经费，并在科研经费日常核算中对科研项目逐一设置相应的辅助账，进行核算追踪。从而实现对科研项目的收支情况和结余情况的全面核算分析，有利于对科研经费进行精细化管理。
2．利用明细科目归集科研成本，完善劳务报酬补偿机制
新高校会计制度中的会计科目是固定的，不允许高校新增设会计科目进行核算，对间接费用应设置明细科目来进行归集与核算。公共费用中的水电燃动费、固定资产折旧、无形资产摊销等支出费用，都应按性质和用途细化，按合理的标准将科研经费支出与教育经费支出分离，以达到准确计量科研成本的目的，从而进一步完善科研成本核算体系。另外，在严格控制经费的使用标准的同时让科研人员获得合理的补偿，完善劳务报酬补偿机制是关键。对此可实行项目经费包干制，如此可促使科研人员提高设备材料的使用效率，避免不必要的浪费；也可进一步提高科研项目经费中绩效支出比例，明确细化并合理扩大绩效部分的支出范围，有效保障高校科研人员在科研活动中的劳动价值。
3．加强科研用固定资产的规范管理
对已有的科研用固定资产抽调专人，进行集中彻底的清查盘点，按照固定资产的残余价值、可使用年限等要素分门别类登记在册。对已无使用价值的固定资产及时报废，对尚有使用价值的固定资产按新会计制度计提折旧。根据固定资产的性质和使用情况合理确定剩余使用寿命，按总可用工作量来确定折旧方式。由此有效加强了科研用固定资产的长期监管与控制，并规范了对科研用固定资产的管理。
4．科研经费核算适当引入权责发生制
在科研经费的核算过程中引入权责发生制，按照科研项目的预算执行情况来确定百分比，分期计量，确认科研事业收入，使之与科研支出在各会计期间内保持配比，这样能真实有效地核算科研活动的净损益，监控科研活动的完成进展。另外，对高校计提的间接费用，包括科研管理费补偿和工作组绩效补偿也应按执行进展程度分期计提，使间接费用真正落实到科研的进展中，有效地发挥其补偿作用。